Advancing Development of Synthetic Gene Regulators / Chandran, Anandhakumar  

Público ISBD Ningún comentario para este título. Título : Advancing Development of Synthetic Gene Regulators : With the Power of High-Throughput Sequencing in Chemical Biology Tipo de documento: documento electrónico Autores: Chandran, Anandhakumar, Mención de edición: 1 ed. Editorial: Singapore [Malasya] : Springer Fecha de publicación: 2018 Número de páginas: XV, 114 p. 49 ilustraciones, 44 ilustraciones en color. ISBN/ISSN/DL: 978-981-10-6547-7 Nota general: Libro disponible en la plataforma SpringerLink. Descarga y lectura en formatos PDF, HTML y ePub. Descarga completa o por capítulos. Idioma : Inglés (eng) Palabras clave: Biotecnología  Genética Médica  Química bioorgánica  Genética clínica Clasificación: 660.6 Resumen: Este libro se centra en una noción innovadora que utiliza las poderosas aplicaciones de las tecnologías de secuenciación de próxima generación (NGS) en la interfaz de la química y la biología. En la medicina personalizada, desarrollar pequeñas moléculas dirigidas a una secuencia genómica específica es un objetivo atractivo. Las poliamidas (PIP) de N-metilpirrol (P) –N-metilimidazol (I) son una clase de molécula pequeña que puede unirse al surco menor del ADN. En primer lugar, se desarrolló un Bind-n-Seq basado en NGS (plataforma de torrentes de iones) rentable para identificar la especificidad de unión de los conjugados PIP en una biblioteca de ADN aleatoria. Sus influencias biológicas dependen principalmente de la afinidad de unión selectiva al ADN, por lo que es importante analizar sus preferencias de unión en todo el genoma. Sin embargo, es exigente enriquecer específicamente el ADN unido a moléculas pequeñas sin entrecruzamiento químico ni unión covalente en genomas cromatizados. En este documento se describe un método que se desarrolló utilizando secuenciación de alto rendimiento para mapear los sitios de unión diferenciales y las regiones enriquecidas relativas de SAHA-PIP no reticuladas en todo el complejo genoma humano. Se identificaron motivos de unión de SAHA-PIP y el mapeo a nivel del genoma de las regiones enriquecidas con SAHA-PIP proporcionó evidencia de la activación diferencial de la red de genes. También se desarrolló un método que utiliza secuenciación de alto rendimiento para mapear los sitios de unión y las regiones relativamente enriquecidas de PIP alquilante en todo el genoma humano. El mapeo a nivel del genoma de la alquilación de la región enriquecida en PIP y los sitios de unión en el genoma humano identifica objetivos genómicos importantes del cáncer de mama. Se anticipa que esta investigación pionera, de bajo costo y alto rendimiento a nivel de secuencia específica será útil para comprender la especificidad de unión de varias moléculas pequeñas que se unen al ADN, lo que a su vez será beneficioso para el desarrollo de moléculas pequeñas. Medicamentos basados ​​​​en una secuencia a nivel del genoma. . Nota de contenido: Overview of Next-Generation Sequencing Technologies and its application in Chemical Biology -- Next Generation Sequencing Studies Guide the Design of Pyrrole-Imidazole Polyamides with Improved Binding Specificity by the Addition of β-alanine -- Genome-Wide Assessment of the Binding Effects of Artificial Transcriptional Activators by Utilizing the Power of High-Throughput Sequencing -- Deciphering the genomic targets of alkylating polyamide conjugates using high-throughput sequencing. Tipo de medio : Computadora Summary : This book focuses on an "outside the box" notion by utilizing the powerful applications of next-generation sequencing (NGS) technologies in the interface of chemistry and biology. In personalized medicine, developing small molecules targeting a specific genomic sequence is an attractive goal. N-methylpyrrole (P)–N-methylimidazole (I) polyamides (PIPs) are a class of small molecule that can bind to the DNA minor groove. First, a cost-effective NGS (ion torrent platform)-based Bind-n-Seq was developed to identify the binding specificity of PIP conjugates in a randomized DNA library. Their biological influences rely primarily on selective DNA binding affinity, so it is important to analyze their genome-wide binding preferences. However, it is demanding to enrich specifically the small-molecule-bound DNA without chemical cross-linking or covalent binding in chromatinized genomes. Herein is described a method that was developed using high-throughput sequencing to map the differential binding sites and relative enriched regions of non-cross-linked SAHA-PIPs throughout the complex human genome. SAHA-PIPs binding motifs were identified and the genome-level mapping of SAHA-PIPs-enriched regions provided evidence for the differential activation of the gene network. A method using high-throughput sequencing to map the binding sites and relative enriched regions of alkylating PIP throughout the human genome was also developed. The genome-level mapping of alkylating the PIP-enriched region and the binding sites on the human genome identifies significant genomic targets of breast cancer. It is anticipated that this pioneering low-cost, high through-put investigation at the sequence-specific level will be helpful in understanding the binding specificity of various DNA-binding small molecules, which in turn will be beneficial for the development of small-molecule-based drugs targeting a genome-level sequence. . Enlace de acceso : https://link-springer-com.biblioproxy.umanizales.edu.co/referencework/10.1007/97 [...] Advancing Development of Synthetic Gene Regulators : With the Power of High-Throughput Sequencing in Chemical Biology [documento electrónico] / Chandran, Anandhakumar,  . -  1 ed.  . - Singapore [Malasya] : Springer, 2018 . - XV, 114 p. 49 ilustraciones, 44 ilustraciones en color. ISBN : 978-981-10-6547-7 Libro disponible en la plataforma SpringerLink. Descarga y lectura en formatos PDF, HTML y ePub. Descarga completa o por capítulos. Idioma : Inglés (eng) Palabras clave: Biotecnología  Genética Médica  Química bioorgánica  Genética clínica Clasificación: 660.6 Resumen: Este libro se centra en una noción innovadora que utiliza las poderosas aplicaciones de las tecnologías de secuenciación de próxima generación (NGS) en la interfaz de la química y la biología. En la medicina personalizada, desarrollar pequeñas moléculas dirigidas a una secuencia genómica específica es un objetivo atractivo. Las poliamidas (PIP) de N-metilpirrol (P) –N-metilimidazol (I) son una clase de molécula pequeña que puede unirse al surco menor del ADN. En primer lugar, se desarrolló un Bind-n-Seq basado en NGS (plataforma de torrentes de iones) rentable para identificar la especificidad de unión de los conjugados PIP en una biblioteca de ADN aleatoria. Sus influencias biológicas dependen principalmente de la afinidad de unión selectiva al ADN, por lo que es importante analizar sus preferencias de unión en todo el genoma. Sin embargo, es exigente enriquecer específicamente el ADN unido a moléculas pequeñas sin entrecruzamiento químico ni unión covalente en genomas cromatizados. En este documento se describe un método que se desarrolló utilizando secuenciación de alto rendimiento para mapear los sitios de unión diferenciales y las regiones enriquecidas relativas de SAHA-PIP no reticuladas en todo el complejo genoma humano. Se identificaron motivos de unión de SAHA-PIP y el mapeo a nivel del genoma de las regiones enriquecidas con SAHA-PIP proporcionó evidencia de la activación diferencial de la red de genes. También se desarrolló un método que utiliza secuenciación de alto rendimiento para mapear los sitios de unión y las regiones relativamente enriquecidas de PIP alquilante en todo el genoma humano. El mapeo a nivel del genoma de la alquilación de la región enriquecida en PIP y los sitios de unión en el genoma humano identifica objetivos genómicos importantes del cáncer de mama. Se anticipa que esta investigación pionera, de bajo costo y alto rendimiento a nivel de secuencia específica será útil para comprender la especificidad de unión de varias moléculas pequeñas que se unen al ADN, lo que a su vez será beneficioso para el desarrollo de moléculas pequeñas. Medicamentos basados ​​​​en una secuencia a nivel del genoma. . Nota de contenido: Overview of Next-Generation Sequencing Technologies and its application in Chemical Biology -- Next Generation Sequencing Studies Guide the Design of Pyrrole-Imidazole Polyamides with Improved Binding Specificity by the Addition of β-alanine -- Genome-Wide Assessment of the Binding Effects of Artificial Transcriptional Activators by Utilizing the Power of High-Throughput Sequencing -- Deciphering the genomic targets of alkylating polyamide conjugates using high-throughput sequencing. Tipo de medio : Computadora Summary : This book focuses on an "outside the box" notion by utilizing the powerful applications of next-generation sequencing (NGS) technologies in the interface of chemistry and biology. In personalized medicine, developing small molecules targeting a specific genomic sequence is an attractive goal. N-methylpyrrole (P)–N-methylimidazole (I) polyamides (PIPs) are a class of small molecule that can bind to the DNA minor groove. First, a cost-effective NGS (ion torrent platform)-based Bind-n-Seq was developed to identify the binding specificity of PIP conjugates in a randomized DNA library. Their biological influences rely primarily on selective DNA binding affinity, so it is important to analyze their genome-wide binding preferences. However, it is demanding to enrich specifically the small-molecule-bound DNA without chemical cross-linking or covalent binding in chromatinized genomes. Herein is described a method that was developed using high-throughput sequencing to map the differential binding sites and relative enriched regions of non-cross-linked SAHA-PIPs throughout the complex human genome. SAHA-PIPs binding motifs were identified and the genome-level mapping of SAHA-PIPs-enriched regions provided evidence for the differential activation of the gene network. A method using high-throughput sequencing to map the binding sites and relative enriched regions of alkylating PIP throughout the human genome was also developed. The genome-level mapping of alkylating the PIP-enriched region and the binding sites on the human genome identifies significant genomic targets of breast cancer. It is anticipated that this pioneering low-cost, high through-put investigation at the sequence-specific level will be helpful in understanding the binding specificity of various DNA-binding small molecules, which in turn will be beneficial for the development of small-molecule-based drugs targeting a genome-level sequence. . Enlace de acceso : https://link-springer-com.biblioproxy.umanizales.edu.co/referencework/10.1007/97 [...]

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